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Gentoo Linux è stata creata da Daniel Robbins, un iniziale sviluppatore di Stampede Linux e FreeBSD. E' stato autore esponente di FreeBSD e del suo caratteristico sistema di installazione chiamato "ports", che lo ha ispirato a incorporarlo in Gentoo sotto il nome di "portage". La prima release stabile di Gentoo è stata annunciata nel marzo del 2002.

Gentoo Linux è una distribuzione basata sul codice sorgente. Mentre in media le installazioni forniscono vari livelli di pacchetti precompilati per offrire un sistema Linux basico pronto all'uso, l'idea alla base di Gentoo è quella di compilare tutti i sorgenti dei pacchetti sul computer dell'utente. Il principale vantaggio di questo sistema è che tutto il software è altamente ottimizzato per l'architettura del computer nel quale viene ospitato. Inoltre, l'aggiornamento dei programmi a nuove versioni è questione di digitare dei semplici comandi. Alcuni utenti di Gentoo godono del fatto che i pacchetti software disponibili nella repository centrale, sono aggiornati continuamente e disponibili giornalmente (talvolta anche a distanza di poche ore) dal loro rilascio da parte degli sviluppatori.
D'altra parte installare Gentoo e renderlo pienamente dotato di desktop grafico, programmi multimediali e strumenti di sviluppo è un lavoro tedioso e lungo - spesso necessitante di molti giorni anche su computers con processori rapidi.

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